截至目前，《魔法禁书目录》的主线故事已经在第12卷中得到了较为完整的收尾，但作者镰池和马并未完全停止与该系列相关的创作。后续还推出了《科学超电磁炮》这一衍生作品，并且在一些短篇故事和外传中继续丰富了学园都市的世界观。因此，严格来说，《魔法禁书目录》的主线虽然有了明确的结局，但整个系列仍在以不同形式延续着。
至于大结局的内容，主要围绕着上条当麻与茵蒂克丝之间的羁绊展开。上条当麻作为贯穿全书的核心人物，在经历了无数冒险后，最终选择了牺牲自己来保护身边的人和世界。他的离去让许多读者感到不舍，但也体现了他一贯以来无私奉献的精神。而茵蒂克丝则继承了他的意志，继续守护着这个世界。
需要注意的是，由于该系列涉及众多角色和复杂的情节线索，对于具体细节的理解可能会因个人阅读体验而有所不同。同时，随着新作品的不断推出，未来或许还会有关于这个世界的更多探索和发展。
总之，《魔法禁书目录》凭借其独特的世界观设定、深刻的人物刻画以及扣人心弦的故事叙述赢得了大量拥趸的喜爱。即便部分章节已告一段落，但它所传递出的正能量与思考仍将持续影响着每一位读者。
