在一个遥远的小村庄里，住着一个名叫尼尔斯的男孩。尼尔斯是个调皮捣蛋的孩子，总是惹出各种麻烦。一天，他在家里闲逛时，遇到了一只被困在家中的小精灵。为了帮助这只小精灵，尼尔斯不小心激怒了它，结果被施了魔法变成了一个小人儿。

就在尼尔斯惊讶于自己的变化时，村子里的家鹅马丁突然跃跃欲试，想要飞翔天空。原来，马丁一直梦想着能够飞向远方，去看看外面的世界。尼尔斯虽然害怕飞行，但又担心自己无法回到原来的大小，于是决定骑在马丁背上，陪伴它完成这次冒险之旅。

随着马丁展开翅膀，尼尔斯和他一起飞上了蓝天。他们首先来到了一片广阔的湖泊，在那里见到了一群正在嬉戏的天鹅。这些天鹅告诉他们，有一场暴风雨即将来临，建议他们尽快离开这片区域。尼尔斯和马丁听从了他们的建议，继续前行。

接下来的旅程充满了奇遇。他们在森林中遇到了狡猾的狐狸斯密尔，险些成为它的晚餐；他们在山洞里发现了一群迷路的小动物，帮助它们找到了回家的路；他们还见识到了壮观的大瀑布和神秘的古老遗迹。每一次经历都让尼尔斯变得更加勇敢和聪明。

在旅途中，尼尔斯逐渐明白了友谊的重要性以及尊重自然的意义。他学会了倾听动物的声音，并与它们建立起了深厚的联系。通过这段特殊的旅程，尼尔斯不仅收获了成长，也找回了自己内心深处善良的一面。

最终，当风暴来临时，尼尔斯和马丁成功地避开了危险，并安全降落在村庄附近的草地上。尼尔斯恢复了原形，而马丁则因为这次旅行变得更加自信。从此以后，尼尔斯不再调皮捣蛋，而是成为一个乐于助人的好孩子，他的故事也在村庄里流传开来，激励着每一个渴望探索未知的人们。